Vesistöjen tilan seuranta on pitkäjänteistä, ja siinä käytetään standardoituja menetelmiä. Vesistöjen tilaa arvioidaan ja seurataan nykyisin hyvin pitkälle EU:n vesipuitedirektiivin pohjalta keskittyen erityisesti vesistöjen biologiaan. Biologinen aineisto (kalat, pohjaeläimet, vesikasvit, kasviplankton) ilmentää pysyvämmin vesistöjen tilaa, kuin nopeasti vaihtuva veden laatu. Tarkoituksena on selvittää ihmisten toimien ympäristömuutoksia. Päähuomio vesistöjen seurannoissa ja luvan haltijoiden velvoitetarkkailuissa on kohdistettu syvännealueille, jolloin järven rantavyöhykkeet jäävät valitettavasti vähemmälle seurannalle.

Lounais-Suomen vesi- ja ympäristötutkimus Oy on seurannut vuodesta 1988 lähtien Kiskon Kirkkojärven veden laatua kolmella havaintopaikalla kaksi kertaa vuodessa tapahtuvilla näytteenotoilla, jotka kuuluvat Salon kaupungin Toijan jätevedenpuhdistamon velvoitetarkkailuun. Järven kasviplanktonia ja pohjaeläimistöä seurataan lisäksi velvoitetarkkailuun liittyen kolmen vuoden välein.

Varsinais-Suomen ELY-keskus seuraa Kiskon Kirkkojärven vedenlaatua yleensä kolmen vuoden välein neljä kertaa yhdessä havaintopaikassa. Tutkimusvuosina otetaan myös kasviplanktonnäyte elokuussa. Seurantaohjelmaan kuuluu myös joka kolmas vuosi järven rantamatalan pohjaeläinten sekä kivien päällyslevien seuranta. Havaintopaikkoja on kolme eri puolilla järveä https://www.jarviwiki.fi/wiki/Kirkkojärvi_(24.021.1.005)

Kiskon Kirkkojärven hoitoyhdistys ry on seurannut Kirkkojärven kalaston tilaa vuodesta 2005 lähtien teettämällä viiden vuoden välein Lounais-Suomen Kalatalouskeskuksella koeverkkokalastuksia Nordic-sarjoilla. Yhdistyksen talkooapu on ollut hyvin tärkeässä osassa tutkimuskalojen käsittelyssä.

Kirkkojärvi on mukana valtakunnallisessa leväseurannassa, jota on tehty vuodesta 1998 lähtien. Havaintoja tekevät koulutetut vapaaehtoiset standardimenetelmillä. Seurantapaikkoja on kaksi:

Kirkonkylän uimaranta

https://www.jarviwiki.fi/wiki/Kirkkoj%C3%A4rvi_(24.021.1.005)/Valtakunnallinen_sinilev%C3%A4seuranta_(Kiskon_Kirkkoj%C3%A4rvi)

Kiiskisnokka

https://www.jarviwiki.fi/wiki/Kirkkoj%C3%A4rvi_(24.021.1.005)/Valtakunnallinen_sinilev%C3%A4seuranta_(Kiiskisnokka)

Kirkkojärven hydrologiasta (virtaamat, valumat, sadanta, haihdunta) on jatkuvasti päivitettyä tietoa. Niiden avulla myös ennakoidaan vesistössä esiintyviä tulvia. Kirkkojärven veden korkeus on automaattiseurannassa. Päivittyvät järven veden pinnan korkeustasot ja ennusteet löytyvät ympäristöhallinnon sivustolta ja niitä voidaan verrata myös aikaisempiin vuosiin https://www.jarviwiki.fi/wiki/Kirkkojärvi_(24.021.1.005)

Seurannan tuloksia

Kirkkojärven typpi- ja etenkin fosforipitoisuus on noussut huomattavasti pitkällä aikavälillä. Myös kasviplanktonin määrä on hyvin suuri ja ilmentää voimakasta rehevöitymistä.

Kirkkojärven pintavedessä on usein esiintynyt voimakasta hapen ylikyllästystä, mikä liittyy voimakkaaseen planktonlevätuotantoon. Pohjanläheisessä vedessä on havaittu 2000-luvun mittauksissa voimakasta hapenpuutetta kesäisin.

Järven humuspitoisuus on veden väriluvun ja etenkin kemiallisen hapenkulutuksen perusteella kasvanut pitkällä aikavälillä. Sameus on lisääntynyt voimakkaasti 1970-luvulta lähtien ja vastaavasti näkösyvyys on pienentynyt. Veden pH-arvo on ollut viime vuosien kesämittauksissa 7,2-8,6, mikä osoittaa planktonlevätuotannon olevan voimakasta.

Järven kasviplanktonin kokonaisbiomassa on vastannut erittäin reheville ja ekologiselta tilaltaan huonoille järville ominaisia lukemia. Myös pohjaeläintutkimusten perusteella Kirkkojärvi on hyvin rehevä. Veden hygieeninen tila on ollut kuitenkin yleensä hyvä.

Massiivisia leväkukintoja ei  järvessä ole enää esiintynyt viime aikoina. Sinilevätilanne on osoittautunut hyvin erilaiseksi järven eri alueilla.  Järven pohjoispään levähavaintopaikassa (Kirkonkylän uimaranta) levää on ollut avovesikausina yleensä runsaasti, mutta eteläpään Kiiskisnokalla levää on havaittu vähän tai ei lainkaan. Tämä viittaa vahvasti eteläpään runsaaseen ravinnekuormitukseen.

Kirkkojärven veden korkeudet vaihtelevat vuoden aikana huomattavasti. Kirkkojärvellä ongelmiksi koetaan tulvat ja alhaiset kesäveden korkeudet sekä säännöstelyn alarajan puuttuminen säännöstelyluvan lupaehdoista. Vedet tulvivat pelloille ja alimpien vedenkorkeuksien aikana aiheutuu virkistyskäytölle helposti merkittävää haittaa. Veden mataluus lisää myös järven rehevöitymistä ja rantakasvillisuuden, etenkin ruovikon, määrää ja järven umpeen kasvua. Hoitoyhdistyksen aloitteesta Varsinais-Suomen ELY-keskuksessa on käynnistetty selvitys Hålldamin säännöstelypadon muuttamiseksi pohjapadoksi, joka toteutuessaan voi tuoda ratkaisun em. ongelmiin.