Kiskon Kirkkojärven hoitoyhdistyksen tarkoituksena on edistää Kirkkojärven ja sitä ympäröivän vesistön vesiensuojelua, estää Kirkkojärven rehevöitymistä, parantaa sen veden laatua ja edistää näin asukkaiden viihtyisyyttä. Yhdistyksen tärkeimpänä toimena on edistää aktiivisesti Kirkkojärven hoitosuunnitelman toteutumista, jotta Kirkkojärven tila saadaan kohenemaan.

Monet ihmistoiminnot ovat heikentäneet ja heikentävät edelleen Kiskonjoen vesistön ja Kiskon Kirkkojärven tilaa. Hoitoyhdistys valvoo yhdistyksen etua pyrkimällä aktiivisesti parantamaan Kirkkojärven tilaa ja torjumalla järven ja vesistön tilaa heikentäviä hankkeita. Näihin yhdistys reagoi mm. laatimalla lausuntoja, vaatimuksia,  valituksia ja tiedotteita, osallistumalla erilaisiin tapahtumiin ja tapaamalla päättäjiä.

Yhdistys pitää erittäin tärkeänä myös lisätä tietoa Etelä-Suomen arvokkaimpiin kuuluvasta  jokivesistöstä ja sen keskusjärvestä Kirkkojärvestä. Tietoa on oltava tarjolla myös näiden vesialueiden suojelun ja kunnostusten keinoista. Nämä yhdistyksen uusitut kotisivut pyrkivät omalta osaltaan tarjoamaan tietoa edellä mainituista asioista.